烈冰單細(xì)胞瀏覽器教你完美解讀ScRNA-Seq數(shù)據(jù)分析結(jié)果

相信很多小伙伴在攻克九九八十一難做完分析時(shí)，是這樣的，滿(mǎn)心期待來(lái)看結(jié)果時(shí)，卻變成了這樣。

l  面對(duì)大量繁瑣的分析結(jié)果文件時(shí)，說(shuō)不清理還亂；

l  想要獲得每個(gè)Cluster中基因表達(dá)量原始信息而翻遍整個(gè)文件夾？

l  想得到不同Marker基因的Feature Plot？一遍遍的寫(xiě)代碼重跑RDS著色？

l  為了得到配色滿(mǎn)意、符合文章發(fā)表要求的圖片，耗費(fèi)大量的時(shí)間和精力來(lái)修圖，嚴(yán)重推遲文章發(fā)表進(jìn)度。

現(xiàn)在這些統(tǒng)統(tǒng)都不是問(wèn)題??！小編幫你輕輕松松解決??！無(wú)需復(fù)雜的PS操作，輕松一鍵得到滿(mǎn)意的細(xì)胞類(lèi)型鑒定t-SNE圖（圖1右），留下大把的時(shí)間去挖掘深層次的生物學(xué)意義?。?！ [i1]

圖1 細(xì)胞類(lèi)型鑒定前（左）、后（右）顏色及名稱(chēng)修改對(duì)比圖

烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶(hù)量身打造了一款單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器（Single Cell Browser），不僅可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化，還是國(guó)內(nèi)首款可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件。下面就跟小編一起來(lái)了解一下這款神器吧。

小編將從Cluster相關(guān)信息、細(xì)胞類(lèi)型的鑒定、基因表達(dá)情況、分析結(jié)果的2D/3D圖像轉(zhuǎn)換四個(gè)角度對(duì)單細(xì)胞瀏覽器的主要功能進(jìn)行簡(jiǎn)單文字說(shuō)明和操作演示。（文末配有單細(xì)胞瀏覽器的整體視頻~）

1.Cluster相關(guān)信息

單細(xì)胞瀏覽器不僅可以對(duì)細(xì)胞聚類(lèi)的結(jié)果進(jìn)行可視化展示，還可以對(duì)：（1）不同Cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布、線(xiàn)粒體RNA表達(dá)量等；（2）所選Cluster的基因數(shù)，UMI數(shù)量、線(xiàn)粒體RNA占比等具體信息進(jìn)行展示，方便大家一鍵尋找～

2. 細(xì)胞類(lèi)型的鑒定

單細(xì)胞瀏覽器還為大家提供一定的個(gè)性化服務(wù)（所有圖片均可下載，并且都達(dá)到了文章發(fā)表的要求哦~）：

1)      單細(xì)胞瀏覽器默認(rèn)展示選定Cluster中Top20的Marker基因；用戶(hù)也可以通過(guò)一鍵導(dǎo)入gene list構(gòu)建個(gè)性化基因列表；輕松一點(diǎn)即可展示任一Marker基因的Feature plot。

2)      判斷好細(xì)胞類(lèi)型后，可以通過(guò)修改Cluster的顏色和名稱(chēng)，從而得到配色滿(mǎn)意、類(lèi)型確定的t-SNE圖。

3.基因表達(dá)情況

單細(xì)胞瀏覽器可以通過(guò)基因表達(dá)量、Heatmap、Violin圖三種表現(xiàn)形式對(duì)基因在Cluster中表達(dá)情況進(jìn)行多方面展示，最大程度上滿(mǎn)足用戶(hù)需求。

1)      表達(dá)量表格，以表格的形式詳細(xì)描述所有基因在Cluster中的表達(dá)量；并可以鏈接到NCBI，查看基因的詳細(xì)注釋信息。

2)      Heatmap圖：整體展示marker基因在每個(gè)Cluster中的表達(dá)情況，可以直觀(guān)的觀(guān)察細(xì)胞類(lèi)群表達(dá)的基因模式及信息，幫助判斷細(xì)胞類(lèi)型。

3)      Violin圖展示基因表達(dá)高低差異，單細(xì)胞瀏覽器可以通過(guò)挑選關(guān)注的基因、更換Cluster的名稱(chēng)來(lái)繪制Violin圖，還可以通過(guò)調(diào)節(jié)圖片的寬、高和系數(shù)比來(lái)調(diào)節(jié)美觀(guān)。

4.分析結(jié)果的2D/3D圖像轉(zhuǎn)換

（最最最炫酷的來(lái)咯~）

單細(xì)胞瀏覽器可以針對(duì)t-SNE圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示，方便大家可以更加直觀(guān)立體的觀(guān)察細(xì)胞分布和聚類(lèi)情況。

單細(xì)胞瀏覽器生成的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖均可達(dá)到文章發(fā)表的要求；界面簡(jiǎn)潔明了，一鍵搜索關(guān)注基因節(jié)省了大量的時(shí)間；3D立體化展示，方便更加直觀(guān)深入的觀(guān)察。

有沒(méi)有怦然心動(dòng)的感覺(jué)？操作簡(jiǎn)單，功能強(qiáng)大。沒(méi)錯(cuò)，這就是你想要的單細(xì)胞瀏覽器。快來(lái)親自體驗(yàn)一下吧 。詳細(xì)的操作動(dòng)圖可以點(diǎn)擊https://mp.weixin.qq.com/s/wPhNRl4xjRHxz-FIjZzElw瀏覽哦~

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